Le Ministre de l'Agriculture, de l'Elevage et de la Pêche a pour mission de concevoir, de mettre en œuvre et de coordonner la politique de l'Etat Malgache dans le domaine de l'Agriculture, de l'Elevage et de la Pêche ainsi qu'en matière de Recherches Agricoles, pour un développement rapide et durable.
Au niveau des régions, il assure avec les 22 Directions Régionales du Développement Rural (DRDR) la mise en œuvre de la politique du Ministère dans les régions administratives, suivant les normes et les objectifs fixés par le Ministère et en tenant compte des spécificités de chaque région. En collaboration étroite avec ces Régions, la mission a pour obectif :
- de développer les systèmes agricoles, d’élevage, de pêche et des ressources halieutiques (de la production à la commercialisation) ;
- d’établir un environnement favorable au développement rural ;
- de développer les aptitudes dans les secteurs publics et privés pour soutenir le développement rural ;
- de créer des alliances pour négocier des ressources et identifier des opportunités commerciales nécessaires au développement rural.

A ce titre Il :

• Contribue à l'établissement des conditions favorables à la promotion d'un développement économique, social, politique et culturel, rapide et durable.
• Suit l'administration et l'utilisation des ressources affectées par l'Etat à la mise en œuvre de la politique, dans le respect des législations et réglementations en vigueur
• Anime et assure le suivi et le contrôle de l'exécution des activités arrêtées dans le "Business plan" pour atteindre les objectifs suivants :
                 
  • Augmenter la productivité pour atteindre le même niveau que les pays asiatiques et augmenter les superficies irriguées ;
  • Promouvoir la diversification et la transformation des produits agricoles en encourageant les associations villageoises et le secteur privé;
  • Atteindre les normes internationales de qualité pour développer les exportations agricoles et agro-industrielles;
  • Renforcer la collaboration avec les partenaires techniques et financiers pour assurer une gestion transparente et rationnelle des ressources halieutiques et assurer leur pérennité;
  • Assurer la bonne gouvernance du secteur